SQLSTATE[40001]: Serialization failure: 1213 Deadlock found when trying to get lock; try restarting transaction
The SQL being executed was: UPDATE tbl_point
SET location = POINTFROMTEXT(CONCAT('POINT(55.683452 37.526923)'))

Для выяснения причины ошибки, необходимо запустить SHOW ENGINE INNODB STATUS;

SQLSTATE[HY000] [2002] No such file or directory

Ошибка появляется при неверном указании сокета для драйвера PDO pdo_mysql.default_socket

Got error 28 from storage engine

• Got error 28 from storage engine - Закончилось место на диске
• MySQL Error: Out of resources when opening file './db_name/table_name.MYD' (Errcode: 24)

Checking for corrupt, not cleanly closed and upgrade needing tables

• mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair -u root -p
• mysql_upgrade --force -u root -p

Too many open files

Превышение одновременно открытых дескрипторов

• Сколько разрешено открывать файловых дескрипторов пользователю mysql (системные ограничения)

• # cat /etc/security/limits.conf | grep -vP '^#'

• Сколько разрешено открывать файловых дескрипторов (конфигурация)

• cat /etc/mysql/my.cnf|grep open_files_limit

• Сколько занято дескрипторов

• lsof -u mysql | wc -l

• Cколько дескрипторов разрешено в MySQL

• # mysql -se "show variables like 'open_files_limit'" -uroot -p
  Variable_name       Value
  open_files_limit    1024

• nano /etc/security/limits.conf
• Воставляем число файловых дескрипторов (для пользователя mysql)

• mysql           hard    nofile          102400
  mysql           soft    nofile          102400

• Временно увеличиваем число открытых дескрипторов файлов
  (настройки сохраняются до перезагрузки машины)

  $ ulimit-n102400

• Проверить настройки можно

  $ ulimit-a

• nano /etc/mysql/my.cnf
• Выставляем число одновременно открытых файлов в конфигурации

• open_files_limit 8192

или

• Выставляем число дескрипторов в разрешенных

• echo 'mysql  -  nofile  8192' > /etc/security/limits.d/mysql.conf

• Перезапускаем сервер

• # service mysql restart

Если после перезапуска mysql не применил новые ограничения, значит PAM это запретил. Тогда добавляем разрешение в PAM.

• Проверяем ограничения PAM

• grep -r limits /etc/pam.*

• Снимаем ограничение (Debian)

• $ echo 'session required pam_limits.so' >> /etc/pam.d/common-session

• $ echo 'session required pam_limits.so' >> /etc/pam.d/common-session-noninteractive

• Сбрасываем ограничения в systemd

• echo "
  [Service]
  LimitNOFILE=infinity
  LimitMEMLOCK=infinity" > /etc/systemd/system/mysqld.service

• Перезагружаем настройки демона systemd

• systemctl reload mariadb.service